No sólo la reválida es la novedad de la Lomce en las enseñanzas medias. La controvertida reforma educativa supondrá un cambio de organización de la Secundaria al dividirla en dos ciclos distintos a los de ahora. El primero englobará los primeros tres cursos y el segundo, el cuarto. Este último tendrá un carácter que la ley define como "propedéutico", es decir, será un curso de preparación a la siguiente etapa educativa que elija el alumno. Por tal motivo, a los estudiantes que tengan pensado optar al año siguiente por el Bachillerato se les ofrecerá las enseñanzas académicas, mientras que aquéllos que se decanten por la Formación Profesional (FP) cursarán las enseñanzas aplicadas. Por tanto, a partir de los 15 años los alumnos han de configurar ya su itinerario formativo.

También varía la clasificación de las asignaturas. Serán de tres tipos: troncales, específicas y de libre configuración, en lugar de generales y optativas, como ahora. En esta distribución y oferta también el Estado gana competencias. Entre las específicas del primer ciclo se encuentran la segunda lengua extranjera, tecnología o iniciación a la actividad emprendedora y empresarial. También en este apartado se incluye la Religión y su alternativa Valores Éticos, que puntúa dentro del cómputo global de la etapa, pero no se incluye en la evaluación final para la obtención del título. Sin embargo, esta asignatura no aparece como obligatoria en el currículum de Bachillerato, lo que deja a la voluntad de las autonomías su inclusión, algo que ha propiciado las críticas de los sindicatos y de varias diócesis.

Otro cambio importante de la Lomce en los institutos es el que concierne a los nuevos programas de mejora del aprendizaje y rendimiento, que sustituyen a los de diversificación curricular (PDC). Se trata de un procedimiento que persigue que los adolescentes con más dificultades en sus estudios logren la titulación de la etapa obligatoria sin abandonarla. Es una solución anterior a la FP Básica, que supone la salida del sistema. Para ello, entre otros recursos, se agrupan las asignaturas por áreas de conocimiento. La principal novedad en este ámbito radica en que los estudiantes no tendrán que esperar a acabar el segundo curso de la ESO para acogerse a estos programas, sino que lo podrán hacer una vez terminado primero.

Estas modificaciones tampoco han estado exentas de críticas. Muchos especialistas consideran demasiada temprana la edad de configurar el itinerario formativo del alumno y de decantarse por la FP Básica. En este sentido, hay que hacer memoria, puesto que en 2011, durante los últimos meses del Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero y con Ángel Gabilondo como ministro de Educación, se intentó modificar la antigua ley educativa, la LOE, para introducir "opciones" en el tercer curso de la ESO encaminadas al futuro formativo del adolescente. También se proponía que un estudiante con elevado nivel de fracaso educativo pudiera matricularse en los antiguos PCPI con 15 años. Intenciones, que no se llevaron a cabo por el cambio de Gobierno y que ahora, con la Lomce, se verán materializadas, aunque de otra forma.