Algunos ven en el proceso Ergenekon un ajuste de cuentas con el llamado Estado profundo de Turquía, un Estado dentro del Estado que se compone de fuerzas enemigas de la democracia, entre ellas militares.

El Ejército, que se ve como guardián de la herencia secular del fundador de la república, Mustafa Kemal Atatürk, intentó varias veces desde 1960 hacerse con el poder. De hecho, Erdogan recortó las facultades de los militares dramáticamente en sus diez años de gobierno. El proceso Ergenekon (Ergenekon es el nombre de un lugar de la mitología turca) volvió a debilitar a los militares.

Hace poco, con el derrocamiento de Mohamed Mursi en Egipto, quedó demostrado cuán sensible es el Gobierno islámico-conservador en Ankara ante el tema militar. Erdogan fue uno de los más duros críticos del derrocamiento de Mursi y acusó a la UE de no estar llamando por su nombre los sucesos en el Nilo: golpe de Estado. Definición que evitan la UE como EEUU.

Los críticos acusan al Gobierno turco de estar actuando con el proceso Ergenekon no sólo contra el Estado profundo, sino de haber usado el juicio para ajustar cuentas con opositores políticos. El origen del proceso es el hallazgo de granadas de mano en una casa en Estambul en 2007. Los presuntos planes del Ejército de sembrar el caos con atentados y brindar de esa forma un caldo de cultivo para un golpe militar hicieron sonar las alarmas en el Gobierno de Erdogan.

Que el Gobierno elegido democráticamente de Erdogan tiene poca tolerancia para sus críticos quedó demostrado en las protestas desde fines de mayo. La Policía volvió a emplear el sábado en Estambul gas lacrimógeno y balas de goma contra los manifestantes y numerosos jóvenes que comían en restaurantes fueron detenidos. Erdogan no hace concesiones a sus opositores, al contrario. Hace poco comparó a los manifestantes en su país con "deplorables roedores".