Los Hermanos Musulmanes, el principal grupo de oposición en Egipto, no han asumido la dirección de la revolución contra el régimen del presidente Hosni Mubarak, sino que han decidido actuar con pragmatismo, a base de buscar alianzas con los opositores laicos y el Ejército. Los Hermanos, cuyo ideario se basa en el establecimiento por medios pacíficos de un estado islámico en Egipto, tienen sus antecedentes a finales del siglo XIX, cuando el integrismo islámico se organizó en El Cairo como fuerza nacionalista contraria a la administración británica.

En 1928, el maestro Hassan el Banna fundó en la ciudad de Ismailía la Hermandad Musulmana bajo el lema "el Corán es nuestra constitución y el profeta nuestro jefe", y se convirtió así en el primer Guía supremo del movimiento. En diciembre de 1948 el gobierno egipcio ilegalizó a los Hermanos Musulmanes y en 1949 Hassan Ee Banna fue asesinado.

Los Hermanos no volvieron a la legalidad hasta 1952, cuando los Oficiales Libres, encabezados por el coronel Gamal Abdel Naser, derrocan a la monarquía del rey Faruk y proclaman la república en Egipto.

Sin embargo, el carácter marcadamente laico, filosocialista y panarabista de la revolución naserista chocó con los planteamientos de los Hermanos, cada vez más críticos con el nuevo régimen, que terminó por ilegalizarlos en 1954.

El sucesor de Naser, Anuar El Sadat (1970-1981), inició una política de acercamiento a la Hermandad para contrarrestar la influencia de los comunistas en la vida política y social de Egipto, más aún si se tiene en cuenta el cambio de rumbo experimentado por el régimen, que del filosocialismo naserista pasó a ser uno de los más firmes aliados de EEUU en la región.

En 1971 el Islam fue declarado la religión del Estado en Egipto y en 1972 la sharia quedó constituida como "una de las principales fuentes de derecho", pero no la única, como reclaman los Hermanos.

En 1978, los Hermanos lograron un gran éxito en las elecciones universitarias y al año siguiente manifestaron su rechazo a los Acuerdos de paz de Camp David firmados por Egipto con Israel. Dichos acuerdos implicaban la devolución a Egipto de la península del Sinaí, ocupada por los israelíes en la Guerra de los seis días de 1967, y, sobre todo, el establecimiento de relaciones diplomáticas entre ambos países, algo insólito hasta ese momento y que le valió a Egipto el rechazo generalizado en el mundo árabe.

En 1980 Sadat hizo una nueva concesión, con la introducción de una enmienda a la Constitución que elevó la sharia a la categoría de "principal fuente del derecho".

El 3 de septiembre de 1981 Sadat encarceló a 3.000 personas acusadas de conspiración, entre ellas al líder supremo de la Hermandad, Omar El Telmesani. El 6 de octubre de 1981, Sadat fue asesinado por un comando integrista de su propio Ejército adscrito a la Yihad Islámica. Su sucesor, Hosni Mubarak, liberó en diciembre de 1981 a la mayoría de los detenidos por su antecesor, entre ellos a Telmesani.

En la actualidad, los Hermanos Musulmanes son uno de los grupos con mayor influencia social en Egipto y en otros lugares de Oriente Medio, como Jordania o los territorios palestinos, donde el movimiento Hamas, que se nutre de los mismos principios ideológicos, gobierna en la Franja de Gaza.

De hecho, en Egipto, los Hermanos suelen ganar las elecciones que se celebran en las asociaciones profesionales, por lo que reclaman su regreso a la legalidad. En marzo de 2008 la Hermandad denunció que las autoridades egipcias sólo habían aceptado a un 8,3% de sus aspirantes para los comicios de abril así como la detención de más de 800 de sus miembros.