Las excavaciones que se vienen realizando en el solar anexo a la ermita de Santa Clara confirman las grandes dimensiones que alcanzó esta antigua necrópolis, que fue utilizada desde el siglo XIV al XVIII de forma prácticamente ininterrumpida. A tenor de los hallazgos y de la extensión que alcanza el antiguo cementerio (ya han salido a la luz más de 300 enterramientos), la necrópolis sólo es comparable con otras halladas en ciudades como Sevilla, Toledo o Córdoba. Su datación coincide con la época de mayor apogeo de El Puerto, la de su relación con América.

Además, se confirma según la arqueóloga Ester López Rosendo, directora de las excavaciones, que la necrópolis es cristiana, y que durante un tiempo constituyó el cementerio del Barrio Alto, además de ser lugar de enterramiento de navegantes y gentes de mar, tal como demuestra la naturaleza de los objetos que componen los ajuares funerarios hallados, entre los cuales se cuentan medallas, botones dorados o insignias de la Armada Española. No en vano, Santa Clara es patrona de los navegantes y marinos, y en general es una figura protectora de todos los oficios relacionados con la luz del sol. En este cementerio están apareciendo también enterramientos de soldados y marinos caídos en la batalla de Trafalgar.

Las excavaciones van por buen camino y ya han comenzado a aflorar ajuares funerarios del siglo XVIII, entre los más de 40 enterramientos que se han excavado en la primera semana de esta nueva fase de prospecciones, que se suma a la realizada en el año 2009. Los ajuares muestran el carácter cristiano de estos antiguos moradores de El Puerto, ya que algunos aparecen con cruces, rosarios y medallas, acostados en posición lateral o decúbito supino (boca arriba).

En un principio, se especuló con que algunos de los enterramientos que aparecieron fueran de otra confesión religiosa distinta a la católica, pero la arqueóloga Ester López confirma que "no se puede concebir una necrópolis donde se mezclen enterramientos judíos y cristianos, no puede haberla", sentencia la directora de los trabajos.

Además, la profusión de objetos cristianos refleja la religiosidad del Barroco, la época en que fueron enterrados los cuerpos que afloran en esta nueva fase de excavaciones. Según la arqueóloga, la aparición de ajuares es poco habitual en enterramientos de los siglos XVII y XVIII, lo que vendría a confirmar la importancia económica que tuvo El Puerto en esos siglos, que coinciden con los de mayor auge comercial con Ultramar. Están apareciendo también medallas religiosas relacionadas con santuarios iberoamericanos, en especial de México y Perú, algo que sólo se puede entender en ciudades que tenían un intenso tránsito mercantil con las antiguas colonias americanas. Una de las piezas aparecida en las excavaciones es una medalla de la Virgen de Guadalupe, procedente de México.

Estos enterramientos se han descubierto en las excavaciones previas a la construcción de las 65 viviendas protegidas para jóvenes que edificará en dos parcelas de Santa Clara la empresa municipal Suvipuerto, en la que por el momento se han excavado más de 40 tumbas y fosas simples, en una franja de terreno que viene a coincidir aproximadamente con el antiguo trazado de la calle Juan Guilloto León. Conforme avanza la excavación hacia la zona occidental del solar aparece un número mayor de tumbas y además en mejor estado de conservación que aquellas que están más cerca de la calle Cruces, afectadas por las conducciones y canalizaciones de los antiguos edificios de la barriada de Santa Clara.

Las excavaciones en Santa Clara, un amplio terreno de unos 60.000 metros cuadrados de superficie, son realizadas por Bauen, la empresa encargada de la construcción de los nuevos pisos de Suvipuerto. De forma paralela, en el mismo solar, aunque en otra parcela, se desarrollan otras prospecciones arqueológicas a cargo de la Consejería de Obras Públicas de la Junta de Andalucía como paso previo a la construcción de 125 viviendas que se permutarán con las de los vecinos de la barriada de José Antonio.