El exceso de celo y la fe ciega que la Policía tiene en la última versión de Miguel Carcaño acabaron destruyendo las relaciones con el juez Francisco de Asís Molina, que investigó el asesinato de Marta y con el que los investigadores habían colaborado estrechamente y de forma fluida desde que se produjo la desaparición.

La Fiscalía y el juez accedieron a regañadientesa imputar a Javier Delgado, después de que la Policía tomara declaración a Miguel Carcaño en la cárcel de Morón de la Frontera, donde les reveló su nueva versión de los hechos. El magistrado, con el apoyo incondicional de la Fiscalía, dio carpetazo a la causa abierta por un delito de homicidio contra el hermano de Carcaño en sólo 21 días. En ese período se cerró una ardua investigación policial que se había prolongado durante un año porque el magistrado otorgó "nula credibilidad" al testimonio del asesino confeso. La nueva versión es, para el magistrado, "inverosímil y fantasiosa", además de tratarse de un relato "inconsistente, ilógico e increíble".

El juez argumentaba que Miguel Carcaño había sido capaz de "mentir tantas veces" que su testimonio no merecía haber recibido "de manera tan gratuita tamaño reconocimiento" por parte de la Policía. El juez consideró que los investigadores se habían "extralimitado" en sus funciones al haber investigado de nuevo al hermano de Carcaño, cuando éste había sido absuelto por su presunta participación en la ocultación del cuerpo de Marta.

La Fiscalía compartió entonces las críticas del instructor a la Policía, al estimar que los agentes estaban "echando por tierra" su propia investigación y desvirtuando los "pilares" de la investigación que los investigadores habían constuido durante la fase de instrucción en torno a las preubas biológicas halladas en el domicilio de León XIII y a los testimonios de los testigos que habían visto a Miguel Carcaño y a otros jóvenes manipulando una silla de ruedas con la que supuestamente habían sacado el cadáver de Marta, según la versión que fue planteada como hipótesis de la acusación pública en el juicio.

Este fue el primer grave enfrentamiento que deterioró las relaciones entre la Policía y el instructor, pero no fue el único, porque el desencuentro y la falta de comunicación entre los mandos policiales y el juez se hizo nuevamente patente con motivo de la búsqueda en el finca Majaloba.

El juez Francisco de Asís Molina reprochó a la Policía que se tuviera que enterar por la prensa del resultado negativo del rastreo en el maizal de Majaloba y llegó a advertir a los mandos policiales del "flagrante incumplimiento" de su obligación de informar al magistrado sobre las últimas actuaciones realizadas en torno a la búsqueda del cuerpo de la víctima.

El comisario jefe de la Brigada de Policía Judicial de Sevilla, José Martínez de Mandojana y Capilla, respondió al magistrado en un escrito en el que culpó al propietario de la empresa Condor Georradar, el geofísico Luis Avial, de ser el responsable de las filtraciones de la investigación relacionadas con este rastreo.

Tras este nuevo enfrentamiento, la relación de mutua cooperación y coordinación que en su día habían tenido la Policía y el juez se ha reducido a una comunicación meramente epistolar, a través de oficios y escritos.

En este desencuentro, la familia de Marta se ha posicionado siempre a favor de la Policía, que sigue dándoles esperanzas y confiando plenamente en una versión de Miguel Carcaño que cada vez muestra más lagunas.