Por el Decreto III, de 4 de octubre de 1813, las Cortes generales ordinarias mandaron que el Congreso Nacional y el Gobierno se trasladasen de Cádiz a la Isla de León, donde residirían mientras se disponía todo lo necesario para el desplazamiento a Madrid. De inmediato, el aposentador de Palacio, Juan Miguel de Grijalva, comenzó a realizar las gestiones pertinentes, entre ellas las que atañían a los alojamientos y a la disposición del edificio en el que celebrar las actividades parlamentarias. Antes que nada, se pensó en volver a utilizar la casa de comedias que había servido de salón a las Cortes generales y extraordinarias desde el 24 de septiembre de 1810 al 20 de febrero de 1811; pero su dueño, José Delgado, se negó enteramente a cederla de nuevo por el incumplimiento de las condiciones con que se había entregado tres años atrás. De ahí que pasara a la Isla de León el teniente de arquitecto mayor Isidro González Velázquez, con el encargo de visitar la población y escoger el lugar más conveniente. El motivo por el cual se responsabilizó de la elección y de las subsiguientes obras de habilitación al discípulo predilecto de Juan de Villanueva, en vez de al ingeniero de Marina Antonio Part -a quien correspondían por su cargo de inspector del edificio de las Cortes-, se debió a que éste se hallaba ausente, comisionado para proponer el edificio que albergaría al Congreso en Madrid.

Velázquez no encontró lugar más a propósito que el convento de Carmelitas Descalzos, a cuyo prior -fray José de San Ambrosio- se pasó un oficio para que pusiera a disposición inmediata del Gobierno la iglesia y demás alojamientos necesarios para el salón de Cortes y su Secretaría, cuyas obras de adecuación comenzarían a la mayor brevedad posible. La negativa respuesta de la comunidad religiosa no estuvo exenta de cierta insolencia. El argumento defendido de que un templo, destinado al culto de Dios, no debería "servir de teatro civil para las discusiones de las Cortes", era del todo insostenible, cuando el Congreso se desplazaba, precisamente, desde el Oratorio de San Felipe Neri de Cádiz. El 8 de octubre se comunicó al Ayuntamiento constitucional de la villa la orden terminante por la que la iglesia del Carmen quedaba destinada para las sesiones de las Cortes y otras habitaciones para su Secretaría, proporcionando en el mismo convento lo necesario para que el culto no se interrumpiese, ni se turbase la vida religiosa.

Los indispensables trabajos de adaptación se desarrollaron con la mayor celeridad, facilitando la Armada Nacional maderas, lonas y otros materiales. Desde Cádiz se acarrearon diversos enseres, entre ellos diez arañas con setenta y dos luces para ser colgadas en la nueva sede. La premura hizo dotar de poco espacio la parte asignada a la asistencia del público, deficiencia que fue advertida con posterioridad y subsanada mediante un ensanche que permitió una mayor concurrencia.

El 11 de octubre se leyó en las Cortes un oficio del encargado de la Secretaría de Gracia y Justicia informando que el nuevo salón estaría corriente para el jueves día 14; lo que pudo ser corroborado por una comisión parlamentaria -compuesta por los diputados Vázquez de Aldama, Olmedo, Esteller y Varona-, que pasó a verificar directamente la marcha de los trabajos y constatar la gran actividad desarrollada por la dirección y los operarios. De ahí que el Congreso resolviera celebrar su última sesión en la ciudad de Cádiz el miércoles 13 a las nueve de la mañana, y que la primera en la Isla de León tuviese lugar la jornada siguiente a las ocho de la noche.

El mismo día 13, la Regencia de las Españas partió de Cádiz a las tres de la tarde. La carrera por donde pasó estuvo cubierta por todos los cuerpos militares francos de servicio, según el orden de antigüedad: Batallón de Reales Guardias Españolas, Batallones de Artillería, Regimiento de Voluntarios Distinguidos, Cazadores, Voluntarios de Extramuros, y Milicias Urbanas, que presentaron armas mientras se tocaba marcha. Los regentes -Luis de Borbón, Pedro de Agar y Gabriel de Ciscar- se dirigieron desde el Palacio de la Aduana hacia la Puerta de Tierra, por debajo de la muralla, plaza de San Juan de Dios, Boquete, plazuela de la Alhóndiga, y cuesta de Santo Domingo. Según lo prevenido en la ordenanza, fueron efectuados tres saludos de artillería. De modo espontáneo, los edificios del recorrido se hallaron adornados con colgaduras. Así fue cómo, con el mayor decoro, salió el Gobierno de la ciudad donde se había cimentado la libertad de los españoles: entre músicas marciales, la rendición de honores por una guarnición brillante y numerosa, el tronar de los cañones, el volteo de las campanas, y el testimonio de adhesión y respeto de sus habitantes. El espectáculo fue tan circunspecto como emotivo. Por extramuros, la comitiva tomó el arrecife, transitando por "el largo istmo que sirve para que el continente no tenga la desdicha de estar separado de Cádiz", según la deliciosa expresión de Pérez Galdós.

En la misma tarde, los regentes llegaron a la Isla de León siendo recibidos con las salvas correspondientes, un repique general y la tropa del cantón tendida desde la entrada de la villa hasta las Casas capitulares, destinadas para Palacio de oficio, donde se apearon. En el atrio, fueron cumplimentados por el Ayuntamiento constitucional, presidido por el Jefe político de la provincia, Cayetano Valdés, y otras autoridades. Luego, las unidades militares desfilaron. Simultáneamente, fueron arribando los diputados de las Cortes que se hallaban en Cádiz, y lo mismo hicieron otros miembros de la representación nacional electos, que aún no habían tomado posesión al haber demorado su presentación ante el temor producido por la epidemia de fiebre amarilla que sufría la ciudad.

La primera sesión de las Cortes ordinarias en la Isla de León -abierta alrededor de las nueve de la noche del 14 de octubre, con retraso sobre la hora prevista- fue muy breve, al no haber podido la Secretaría poner corrientes más que algunos expedientes de escasa entidad. La precipitada salida de Cádiz había originado grandísimos problemas en la villa, muy especialmente en lo tocante a los alojamientos forzosos. Gran parte de los vecinos se negaron a admitir en sus casas a los portadores de las correspondientes boletas de aposentamiento y muchas fueron devueltas con excusas variadas.

Hay que imaginarse lo que debió representar la afluencia al unísono de diputados, regentes, secretarios de Estado, funcionarios de las numerosas oficinas y dependencias públicas, Reales guardias de Corps y de Alabarderos, etc., acompañados de familiares y criados. Recibir la villa, de sopetón, este torrente humano hizo que algunos de los trasladados llegaran a tener que pasar la primera noche a la intemperie. Otros, más afortunados, encontraron provisional cobijo en viviendas cuyos moradores se apiadaron de tan adversa circunstancia. Aún dos días más tarde, el Tesorero general, su familia, e incluso la Tesorería, se hallaban en la calle. En consecuencia, hubieron de tomarse medidas muy contundentes, apremiándose con multas elevadísimas cuya cuantía se acrecentaba cada cuarto de hora que transcurriera sin entregar las habitaciones prefijadas. Hasta llegó a conminarse con el uso de la fuerza para reducir la oposición de los isleños.

No faltaron duras críticas sobre la conducta de Grijalva en la disposición del salón de Cortes y en lo relacionado con los alojamientos. Algunos pensaron que las contrariedades e incomodidades resultantes habían sido intencionadamente buscadas, con el propósito de estimular una pronta salida hacia Madrid; empeño éste defendido por los diputados serviles, quienes deseaban distanciarse cuanto antes, y lo más posible, del liberal ámbito gaditano.

El Congreso, en la sesión extraordinaria de la noche del 25 de noviembre, aprobó la propuesta de la comisión de Legislación y concedió a la villa el título de ciudad con la denominación de San Fernando (Decreto XXVI, de 27 de noviembre de 1813). Al día siguiente, y conforme a lo acordado el 4 de octubre para llevar a efecto su traslación y la del Gobierno a Madrid, resolvió suspender sus sesiones en la Isla el día 29.

En la Iglesia del Carmen -la tercera sede parlamentaria-, las Cortes celebraron 66 sesiones: en octubre, 18 públicas ordinarias y una secreta; en noviembre, 29 públicas ordinarias, ocho públicas extraordinarias, y diez secretas. Durante esta nueva etapa, los Presidentes de las Cortes fueron el extremeño Francisco Rodríguez Ledesma, natural de Salvatierra de los Barros, y el marino murciano Francisco Tacón Rossique, nacido en Cartagena de Levante.

Desde el 30 de noviembre de 1813 hasta el 14 de enero de 1814, ambos inclusive, las sesiones estuvieron suspendidas por el traslado a Madrid desde la ciudad de San Fernando. En la capital de España, fueron reanudadas el 15 de enero y se cerraron el 19 de febrero, cuando se dio por terminada la legislatura correspondiente al año 1813. La legislatura ordinaria de 1814 dio principio el 1º de marzo.