El documento oficial básico  para comprobar desde el punto de vista técnico los efectos que tendría el dragado previsto en el río Guadalquivir es el dictamen que redactó una comisión científica en noviembre de 2010 para remitirlo al entonces Ministerio de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino. Este informe se basa, a su vez, en los datos de un estudio realizado por el Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) en virtud de un acuerdo que suscribió en mayo de 2007 con la Autoridad Portuaria de Sevilla.

La llamada Comisión Científica para el Estudio de las Afecciones del Dragado del Río Guadalquivir concluye, en primer lugar, que las actuaciones de mantenimiento del canal de navegación "deben mantenerse, pero modificando sus condiciones de tiempo, lugar y magnitud, asesoradas por conocimiento científico" para "minimizar sus efectos negativos" al unirse a "otros factores en el estuario".

En cuanto al "dragado de profundización" hasta los ocho metros, lo rechaza aduciendo que "no es recomendable en la situación actual, por repercutir negativamente en la dinámica, la morfología y la biodiversidad del estuario y, por lo tanto, de Doñana; por no mejorar la situación frente a procesos extremos (turbidez y salinidad) y limitar severamente la capacidad de minimizar su duración y sus efectos". Como condiciones indispensables para "volver a evaluar la posibilidad" de ejecutar un proyecto de estas características, apunta a la puesta en marcha de "una gestión integral del estuario" con actuaciones encaminadas, por ejemplo, a "aumentar y mejorar los aportes de caudales de agua dulce" y "reducir el aporte de sedimentos, nutrientes y pesticidas desde la cuenca del Guadalquivir" con el objetivo de que el río "mejore su funcionalidad".

De acuerdo con el criterio de la Comisión Científica, el dragado en cuestión "es incompatible con la conservación del estuario y, por tanto, de Doñana". En clave positiva, el dictamen plantea "la intervención rápida y coordinada de las administraciones implicadas en la planificación y la gestión del estuario, de la cuenca y de la costa, de modo que se revierta la tendencia actual que lleva al colapso del estuario y a la costa que depende del mismo y, por tanto, al Parque Nacional de Doñana, cuyas marismas forman parte del propio estuario".

Del contenido del estudio del CSIC, planteado como "propuesta metodológica para diagnosticar y pronosticar las consecuencias de las actuaciones humanas en el estuario del Guadalquivir", la Comisión Científica destaca los resultados que señalan que el río "se encuentra afectado en su funcionamiento por la circulación actual de los buques, por los vertidos urbanos e industriales, por los caudales de agua dulce que aportan el Guadalquivir y los afluentes del estuario y las características del agua en la plataforma litoral, y por procesos biológicos como la introducción de especies exóticas de plantas, vertebrados e invertebrados".

Basándose, igualmente, en la información facilitada por este estudio que encargó la Autoridad Portuaria de Sevilla, la Comisión Científica resuelve que "en principio, un mayor calado en el canal de navegación generaría un estuario menos asimétrico, aumentando la vaciante y generando menor turbidez y una mayor columna de agua, aparte de que tendría poco efecto sobre la salinidad; pero generaría una gran inestabilidad en las márgenes y una serie de problemas asociados en el estuario y en la costa". Así las cosas, concluye que "el orden de los factores altera el producto", en el sentido de que "profundizar el dragado y hacer mejoras posteriores en el estuario no es viable, si queremos mantenerlo con vida". "Primero hay que mejorar la situación en el estuario y luego se podrá evaluar si se puede profundizar el dragado y en qué condiciones", apostilla en el dictamen.

La Comisión Científica también pone de manifiesto que esta actuación "no  es el único proyecto que debe preocupar para el futuro del estuario". A este respecto, alude a "la modernización de regadíos del arrozal", "la urbanización y construcción de campos de golf en zonas de llanos mareales" y las obras de "resguardo" en la zona sanluqueña de Bonanza como intervenciones que "tendrían, igualmente, efectos negativos y ninguno positivo para el estuario, Doñana y la costa". No olvida incluir una advertencia sobre la actividad de la presa de Alcalá del Río.